वैनकोमाइसिन के अनुसार NFI 2011 एडिशन के अनुसार दवा के प्रतिकूल प्रभाव इस प्रकार हैं: ओटोटोक्सिसिटी, नेफ्रोटोक्सिसिटी, फ्लशिंग, त्वचा की खुजली, उत्तेजना, शोक, वसोदिलेशन, एक्सफोलिएटिव डर्माटाइटिस, डिज़ीनेस, ताड़न, बेहोशी, तेज दिल की धड़कन, विमलीकरण, श्वसन तंत्र की बीमारी, थ्रोम्बोफलेबाइटिस, चक्कर आना, और डिस्ट्रेस सिंड्रोम. यदि आपको इनमें से कोई भी दुष्प्रभाव होता है, तो तत्काल अपने चिकित्सक से परामर्श करें। ध्यान दें, यह सूची सम्पूर्ण नहीं हो सकती और सभी व्यक्तियों को यह दुष्प्रभाव नहीं हो सकते।