सेप्ट्रान सिरप शायद ही कभी साइड इफ़ेक्ट पैदा करता है लेकिन हल्की खुजली, दाने, मतली, दस्त या सिरदर्द हो सकता है। मेनिनजाइटिस, उच्च पोटेशियम, या एलर्जी प्रतिक्रियाओं जैसे गंभीर साइड इफ़ेक्ट के लिए तत्काल चिकित्सा ध्यान देने की आवश्यकता होती है। लक्षणों पर नज़र रखें और किसी भी असामान्य साइड इफ़ेक्ट के बारे में अपने डॉक्टर को बताएं। ठीक से उपयोग किए जाने पर अधिकांश लोग ट्राइमेथोप्रिम को अच्छी तरह सहन कर लेते हैं।--यदि आपको इनमें से कोई भी दुष्प्रभाव होता है, तो तत्काल अपने चिकित्सक से परामर्श करें। ध्यान दें, यह सूची सम्पूर्ण नहीं हो सकती और सभी व्यक्तियों को यह दुष्प्रभाव नहीं हो सकते।