मेलाटोनिन के अनुसार NFI 2011 संस्करण के अनुसार दवा के दुष्प्रभावों में शामिल हैं: नींद में बाधा, चक्कर, सिरदर्द, उदासीनता, अवसाद, मुंह सूखना, पेट दर्द, दस्त, उल्टी, अवसाद, घबराहट, अस्वस्थ अनुभूति। यदि आपको इनमें से कोई भी दुष्प्रभाव होता है, तो तत्काल अपने चिकित्सक से परामर्श करें। ध्यान दें, यह सूची सम्पूर्ण नहीं हो सकती और सभी व्यक्तियों को यह दुष्प्रभाव नहीं हो सकते।